Scripting sur OMERO Les scripts sont accessibles via l’interface web par la petite icône d’engrenage.
OMERO dispose d’une page d’aide sur les scripts: https://omero-guides.readthedocs.io/en/latest/scripts/docs/index.html
Une grande quantité de scripts est disponible. En raison de la quantité élevée de scripts disponibles, de l’absence d’images de test spécifiques, et de l’existence inconstante de documentation spécifique à chaque script (vous devrez quelquefois vous contenter des commentaires présents dans le script), ceux-ci n’ont pas été testés (sauf exceptions spécifiques, mentionnées explicitement) et leur utilisation se fera à vos risques et périls.
Procédure d’utilisation d’ObiWan-Microbi ObiWan-Microbi est une collection d’outils destinée à la segmentation d’objets. Le logiciel utilise
Le serveur OMERO pour le data management SegUI, pour la segmentation manuelle et l’annotation SegServe, pour l’exécution de réseaux de neurones La documentation officielle se situe ici: https://github.
Utilisation avancée des métadonnées Mis à part les tags, les dictionnaires (paires clés/valeurs) et les pièces jointes, OMERO ne propose de base pas de solution très élaborée pour annoter les données, d’autant plus qu’il faut, dans les cas cités, les entrer manuellement (ce qui peut poser problème sur un nombre élevé d’images).
Sources de documentation et autres sites d’infos Documentation officielle de OMERO (en anglais): https://readthedocs.org/projects/omero-guides/
Site du laboratoire Microscopie Imagerie Côte d’Azur: https://univ-cotedazur.fr/mica/omero
Vidéos de présentation d’omero sur la chaîne du RTMFM: https://www.canal-u.tv/chaines/rtmfm/partage-edition-mise-en-forme-et-traitement-d-images-avec-omero et https://www.canal-u.tv/chaines/rtmfm/vous-souhaitez-tester-ou-installer-omero-dans-votre-institut-decouvrez-les-pre-requis
Forum de questions réponses en analyse d’image de microscopies, avec une rubrique consacrée aux questions autour d’OMERO: https://forum.
Utilisation des ROIs sur OMERO Comme décrit dans le document concernant OMERO.iviewer, OMERO offre des possibilités d’annotations (fléchage et ajout de zone de texte) ou de mesures (mesure de distance, d’aère, décompte d’objets), à l’aide d’outils de dessin manuel. La fonction d’automatisation des détections n’est pas directement accessible via OMERO, mais peut se développer à l’aide de plugins ImageJ.