10 - Utilisation avancée des métadonnées

Utilisation avancée des métadonnées Mis à part les tags, les dictionnaires (paires clés/valeurs) et les pièces jointes, OMERO ne propose de base pas de solution très élaborée pour annoter les données, d’autant plus qu’il faut, dans les cas cités, les entrer manuellement (ce qui peut poser problème sur un nombre élevé d’images).

9 - Sources de documentation

Sources de documentation et autres sites d’infos Documentation officielle de OMERO (en anglais): https://readthedocs.org/projects/omero-guides/ Site du laboratoire Microscopie Imagerie Côte d’Azur: https://univ-cotedazur.fr/mica/omero Vidéos de présentation d’omero sur la chaîne du RTMFM: https://www.canal-u.tv/chaines/rtmfm/partage-edition-mise-en-forme-et-traitement-d-images-avec-omero et https://www.canal-u.tv/chaines/rtmfm/vous-souhaitez-tester-ou-installer-omero-dans-votre-institut-decouvrez-les-pre-requis Forum de questions réponses en analyse d’image de microscopies, avec une rubrique consacrée aux questions autour d’OMERO: https://forum.

8 - Utilisation_des ROIs sur OMERO

Utilisation des ROIs sur OMERO Comme décrit dans le document concernant OMERO.iviewer, OMERO offre des possibilités d’annotations (fléchage et ajout de zone de texte) ou de mesures (mesure de distance, d’aère, décompte d’objets), à l’aide d’outils de dessin manuel. La fonction d’automatisation des détections n’est pas directement accessible via OMERO, mais peut se développer à l’aide de plugins ImageJ.

7 Interaction entre OMERO et Jupyter

Utiliser un notebook Jupyter sur des images stockées sur OMERO Jupyter est une application web permettant de développer et lancer du code source dans différents langages (Java, Python, R, Ruby…), le tout combiné à de la prise de notes. Cette polyvalence le rend de plus en plus prisé pour de la data-science.

6 - Interaction entre OMERO et Fiji avec OMERO Imagej

OMERO.imagej 1. Installer OMERO.imagej Se rendre sur le lien suivant : https://www.openmicroscopy.org/omero/downloads/ Aller sur la rubrique « OMERO plugins » et télécharger le plugin pour ImageJ/Fiji (au format Java *.jar) Télécharger ImageJ/Fiji (si ce n’est pas déjà fait) au lien suivant : https://fiji.