Utiliser un notebook Jupyter sur des images stockées sur OMERO Jupyter est une application web permettant de développer et lancer du code source dans différents langages (Java, Python, R, Ruby…), le tout combiné à de la prise de notes. Cette polyvalence le rend de plus en plus prisé pour de la data-science.
OMERO.imagej 1. Installer OMERO.imagej Se rendre sur le lien suivant : https://www.openmicroscopy.org/omero/downloads/
Aller sur la rubrique « OMERO plugins » et télécharger le plugin pour ImageJ/Fiji (au format Java *.jar)
Télécharger ImageJ/Fiji (si ce n’est pas déjà fait) au lien suivant : https://fiji.
Téléchargement des fichiers image d’origine depuis OMERO 1. Un ou plusieurs fichiers, taille totale inférieure à 1.0 Gb Le téléchargement se fera depuis OMERO.web.
Sélectionnez votre ou vos images (pas les projets ou les datasets) Cliquer sur le bouton de téléchargement de l’interface d’OMERO (région droite, flèche pointant vers le bas) Cliquer sur “Download” pour télécharger les fichiers images aux formats d’origine Si un seul fichier a été sélectionné, le téléchargement se lancera directement.
Création de figures sous OMERO La création de figures avec OMERO se fait principalement en utilisant le plugin OMERO.figure.
1. Tour des fonctions de OMERO.figure OMERO.figure est l’utilitaire permettant d’assembler manuellement des figures à partir de une ou plusieurs images stockées sur le serveur.
Visualisation et manipulation d’images Plusieurs plugins de visualisation d’images sont disponibles pour OMERO, chacun possédant ses propres spécificités.
1. Image Viewer Il s’agit du plugin standard de visualisation OMERO.web. Il comporte des options de visualisation standard (zoom, projection max, séparation des canaux) et des options de modification de rendu des canaux (modification des valeurs de pixel minimale et maximale).