Téléchargement des fichiers image d’origine depuis OMERO
1. Un ou plusieurs fichiers, taille totale inférieure à 1.0 Gb
Le téléchargement se fera depuis OMERO.web.
- Sélectionnez votre ou vos images (pas les projets ou les datasets)
- Cliquer sur le bouton de téléchargement de l’interface d’OMERO (région droite, flèche pointant vers le bas)
- Cliquer sur “Download” pour télécharger les fichiers images aux formats d’origine
- Si un seul fichier a été sélectionné, le téléchargement se lancera directement.
- Si vous avez sélectionné plusieurs fichiers, une fenêtre vous proposant de créer une archive Zip à partir des fichiers s’affichera. Cliquer sur “Create Zip” pour lancer le téléchargement.
- Si vous avez sélectionné trop de fichiers au point de dépasser 1.0 Gb, la fenêtre contiendra un message d’erreur à la place de “Create Zip”.
2. Un ou plusieurs fichiers, taille totale supérieure à 1.0 Gb
Pour ce cas de figure, il n’existe pour l’instant pas de fonctionnalité par défaut sur OMERO.web permettant de le faire. Le script “Batch Export” permet effectivement de télécharger des images en lot, mais pas au format d’origine. Il ne sera donc pas abordé ici.
Toutefois, un logiciel client est disponible à cet effet: OMERO.downloader, disponible à l’adresse suivante: https://github.com/ome/omero-downloader
- Tout d’abord, télécharger la dernière version (https://github.com/ome/omero-downloader/releases). Vous aurez besoin de l’archive zip.
- Décompressez l’archive zip.
- Le dossier contient 3 fichiers principaux:
- “download.bat” - Script de lancement du programme sur Windows.
- “download.sh” - Script de lancement du programme sur Linux.
- “downloader-jar-with-dependencies.jar” - Programme de téléchargement proprement dit, appelé par les scripts.
2.1. Pour les utilisateurs de Windows
Une version graphique en version beta-test est proposée ici: OMERO.downloader-gui.
- Ouvrez un invite de commandes Windows (généralement, en tapant “cmd” dans la barre de recherche).
- Atteignez le répertoire de omero-downloader via les commandes “cd” (pour franchir un répertoire) et “dir” (pour afficher le contenu du répertoire)
- Pour télécharger une image, lancer le script à l’aide de la commande suivante:
download.bat -b <chemin_repertoire_de_depot> -s <server host> -u <user name> -w <password> -f binary Image:<image ID>
- Il est possible d’adapter la ligne de commandes pour télécharger des datasets entiers:
download.bat -b <chemin_repertoire_de_depot> -s <server host> -u <user name> -w <password> -f binary Dataset:<dataset ID>
- Voire des projets entiers:
download.bat -b <chemin_repertoire_de_depot> -s <server host> -u <user name> -w <password> -f binary Project:<project ID>
- Pour plusieurs d’informations sur les autres paramètres de la ligne de commandes, voir: https://github.com/ome/omero-downloader
Note: “image ID”, “dataset ID” et “project ID” font référence à l’identifiant de l’élément concerné. Celui-ci est disponible dans la colonne de droite de l’interface d’OMERO.web, dans l’onglet “General” (“Project ID, “Dataset ID”, “Image ID”, selon l’élément que vous avez sélectionné).
2.2. Pour les utilisateurs de Linux
Le lancement se fait selon le même principe, mais cette fois en utilisant le script “download.sh” en lieu et place de “download.bat”.
2.2. Pour les utilisateurs de Mac
Le rédacteur de ce document ne disposant pas de Mac, et n’ayant trouvé aucune documentation concernant l’utilisation de ce plugin sur un appareil de la firme Apple, aucune procédure ne peut être rédigée pour le moment.
3. Petit mot sur OMERO.insight et le téléchargement d’images
Il est effectivement possible de télécharger des images depuis OMERO via OMERO.insight. Pour cela:
- Connectez-vous à votre session via OMERO.insight
- Dans la liste déroulante, déroulez le projet et le dataset contenant les images à télécharger
- Faites un clic droit sur la sélection, et cliquez dur “Download”
Il ne semble pas y avoir de limite de taille au téléchargement, mais cette méthode est toutefois inconfortable car:
- Il est impossible de sélectionner des images de plusieurs projets/datasets.
- Aucune jauge de téléchargement ne s’affiche.
- Chaque fichier image téléchargé est téléchargé dans un répertoire dédié (sous la forme “Fileset_XX”, la valeur XX n’ayant aucun rapport avec l’identifiant de l’image d’origine dans OMERO), ce qui peut-être gênant dans le cas d’une image pyramidale multi-fichiers.
Exporter des images (sous d’autres formats différents du format d’origine) depuis OMERO
1. Exporter UNE image vers le disque dur local
Pour télécharger une image vers le disque local de votre ordinateur ou un support externe a l’aide de l’interface d’OMERO.web : sélectionner l’image à charger dans l’arborescence des fichiers images puis cliquer sur l’icône de téléchargement (région droite, flèche pointant vers le bas) 
.
Plusieurs options s’affichent:
- “Download”: Permet de télécharger l’image brute. Déjà abordé dans la section précédente.
- “Download Original Metadata”: Permet de télécharger un fichier de textes comprenant les métadonnées de l’image sélectionnée.
- “Export as OME-TIFF…”: Permet d’exporter l’image sélectionnée au format OME-TIFF, compatible avec ImageJ/Fiji, comme pièce attachée à l’image d’origine. Vous pouvez ensuite exporter le dossier zip contenant l’image ou naviguer dans l’arborescence pour retrouver ce fichier zip qui a été stocké dans « Attachement ».
Pour les trois options suivantes, “Export as JPEG/PNG/TIFF”, il s’agit d’une exportation de l’image en RGB au format correspondant (JPEG, PNG, ou TIFF), directement observable avec n’importe quel visualiseur d’images, mais on perd les composants canaux. Seule la vue correspondant à la vignette est exportée.
2. Export d’une séquence vidéo à partir d’une image
Il est possible d’exporter une séquence d’images acquise dans le temps au format vidéo en cliquant sur l’icône Publishing Options 
puis Make Movie.
La fenêtre suivante s’affiche:
Le champ “Name” correspond au nom de l’image sélectionnée. Le nom de l’image n’est pas incrusté au film lors de l’export de la séquence vidéo.
Il est possible de sélectionner le format de sortie de la vidéo (QuickTime, MPEG, Windows Media Play) dans le champ « Format ».
Le champ « Frame Rate » permet de sélectionner la vitesse d’animation en images par seconde. Afin d’éviter une vitesse d’affichage trop rapide, vous pouvez diminuer la valeur à 10fps.
Les réglages suivants vous permettront d’adapter le type d’affichage:
- “Channels Selection” permet de sélectionner le ou les canaux à afficher dans le ficher vidéo obtenu à partir de l’image. Un bouton en position “pressé” indique le canal est sélectionné.
- “Time Interval” permet de sélectionner l’intervalle de temps (entre la position “Start” et la position “End”), pour vous permettre de sélectionner un évènement précis à visualiser.
- “Z-section Interval” permet de sélectionner une plage de profondeur (entre la position “Start” et la position “End”). Si vous utilisez cette option, la séquence vidéo va afficher successivement l’ensemble des plans de la pile avant de passer au timestep suivant. Il ne s’agit PAS ici d’une option de projection 2D à l’export.
Si vous souhaitez exporter l’image de la projection maximale, il est préférable de produire en amont la projection en Z de la pile d’images. Pour cela, vous pouvez ouvrir la séquence dans OMERO.iviewer, y effectuer la projection Z (voir documentation associée à OMERO.iviewer), puis exporter la projection avec “File/ Save Projection as New Image”. L’image créée s’ajoute au dataset. Relancer “Make Movies” à partir de cette nouvelle image.
“Scale Bar” permet d’incruster une barre d’échelle dans la séquence vidéo quand la case associée est cochée. Il est possible d’en modifier l’échellen microns et la couleur (“White” par défaut).
Cocher “Show Labels” afin d’incruster en bas à gauche de la séquence vidéo, les informations sur la profondeur (Z: position du plan) et le temps (t: numéro du timestep, 0:00:000 en temps relatif) pour chaque image de la séquence.
Cliquer sur “Make Movie” pour créer la vidéo. La vidéo sera ajoutée en pièce attachée à l’image d’origine.
3. Exporter un lot d’images vers le disque dur local
L’outil Batch Image Export permet d’exporter des lots d’images en format sous divers formats. Celui-ci est accessible par l’icône “Run Script” 
sous le chemin “omero/export_scripts”
Les images générées sont disponibles au téléchargement sous forme de dossier zip, en tant que pièce jointe sur le dataset..
En lançant le script, la fenêtre suivante s’affiche:
Cette fenêtre comprend plusieurs éléments :
- “Data Type”: Permet de sélectionner le type de données associé aux identifiants (« Image » ou « Dataset »)
- “IDs”: Ce champ contient les identifiants des images/jeux de données à exporter. Si des images/jeux de données ont été sélectionnées avant sélection du script, ce champ sera pré-rempli avec les identifiants des données sélectionnées. Si non, vous retrouverez les ID des images/jeux de données dans la colonne de droite de l’interface d’OMERO.web, dans l’onglet “General” (“Project ID, “Dataset ID”, “Image ID”, selon l’élément que vous avez sélectionné).
En dessous se trouve la région dédiée aux canaux à sélectionner:
La case “Export Individual Channels” permet d’exporter les images des canaux séparés dans l’archive ZIP résultante lorsque elle est cochée. La case “Individual Channels Grey” permet d’exporter les images des canaux en niveaux de gris. Le champ “Channel Names” permet d’ajouter les noms des canaux dans le noms de fichiers associés à chaque canal. Séparer les noms par des virgules. Si ce champ est vide, les canaux seront numérotés.
La case “Export Merged Image” permet d’exporter l’image composite (superposition des canaux) dans l’archive ZIP résultante.
Note : Si aucune LUT n’a été attribuée à un canal, les images associées à ce canal apparaîtront en 8 bits niveaux de gris. Sinon, elles seront en RGB.
Se trouve ensuite les régions dédiées aux sections Z et aux timestamps:
La liste “Choose Z Section” permet de sélectionner la profondeur Z pour toutes les images qui seront dans l’archive ZIP résultante.
- L’option “Default-Z (last-viewed)” ne conservera dans l’archive que la dernière profondeur sélectionnée.
- L’option “ALL Z planes” ajoutera dans l’archive toutes les profondeurs possibles.
- L’option: “Max projection” ajoutera dans l’archive la projection d’intensité maximale pour chaque image.
- L’option “Other (see below)” permet de n’ajouter dans l’archive que les images d’un intervalle Z spécifique : entrer les valeurs correspondantes dans les champs dédiés situés juste en dessous (“OR specify Z index”, “OR specify Z start AND…”, et “…specify Z end”).
La liste “Choose T Section” permet de limiter l’exportation d’images à une plage de temps identifiée et/ou de n’exporter qu’une image sur X images de la séquence. 3 options sont disponibles:
- L’option “Default-T (last-viewed)” ne conservera dans l’archive que le dernier timestamp sélectionné.
- L’option “ALL T planes” ajoutera dans l’archive toutes les temps possibles.
- L’option “Other (see below)” permet de n’ajouter dans l’archive que les images d’un intervalle de temps T spécifié: entrer les valeurs correspondantes dans les champs dédiés situés juste en dessous (“OR specify T index”, “OR specify T start AND…”, et “…specify T end”).
La liste déroulante “Zoom” permet de sélectionner le degré de grossissement des images obtenues (de 25 à 400 %). Utiliser un zoom de 100% pour exporter l’ensemble de l’image sans crop ni ré-dimensionnement.
La liste déroulante “Format” permet de sélectionner le format de sortie des images (JPEG, PNG, TIFF, OME-TIFF). Privilégier le format OME-tiff si vous souhaitez ouvrir et modifier les images sur ImageJ, ou à la rigueur le format tiff (non destructeur) pour une exportation des images en RGB sans réduction de la qualité des images.
Le champ “Folder Name” permet de définir le nom de l’archive ZIP.
Cliquer sur “Run Script” pour lancer le script.
4. Autres pistes pour des téléchargements de gros volumes (de l’ordre de plusieurs gigaoctets)
La plupart des techniques citées ci-dessus ne vaudront que pour des téléchargements de faible volume. Pour des volumes plus élevés, d’autres techniques sont décrites ici:
https://monod.ijm.fr/support_informatique_reseaux/Informations/info-transfert-donnees.html